La razón de ser del Seminario Bautista de México es colaborar para erradicar los sistemas injustos que generan discriminación, injusticia social y desigualdad en comunidades vulnerables y marginadas, en zonas suburbanas e indígenas. La institución reconoce y valora la importancia de las culturas ancestrales y se compromete a preservar la dignidad humana de los pueblos originarios. En este sentido, la institución busca formar y empoderar, desde la misión integral y ecuménica, líderes que promuevan la transformación en sus comunidades desde la justicia social, la equidad y la inclusión. Además, el Seminario Bautista de México busca fomentar el diálogo intercultural e interreligioso, promoviendo el respeto y la valoración de la diversidad cultural y religiosa.